1. Lietuvių kalbos istorijos ir lituanistikos paveldo tyrimai
- XVI–XIX amžiaus lituanistikos šaltinių filologinė, tekstologinė ir lingvistinė analizė
- XVI–XIX amžiaus lietuvių kalbos ir raštijos sociokultūrinis kontekstas
- Lietuvių rašomosios kalbos istorija
- Lietuvių ortografijos raida
- Lietuvių sintaksės raida
- Lietuvių leksikologijos ir leksikografijos istorija
- Bendrinės lietuvių kalbos istorija (XVII–XX a. pr.)
- Lietuvių kalbotyros raida (XVII–XX a. pr.)
- Lituanistikos paveldo ir tyrimų bibliografija
- Senųjų raštų duomenų bazės kūrimas
2. Kalbų ir kultūrų sąveikos ir lituanikos paveldo tyrimai
- Lietuvių ir slavų kalbų sąveika
- Lietuvoje saugomi kiriliniai rankraščiai
- XIV–XVIII amžiaus rusėniškosios raštijos raida
- LDK metraščiai
- LDK stačiatikių ir unitų bažnytinė slavų raštija
- Supraslio ir Žirovicų vienuolynų bibliotekų istorija
- Lietuvos sentikių kalba ir raštija
- Bažnytinė slavų hagiografija
- LDK musulmonų (totorių) raštija arabų rašmenimis
- Lituanikos darbų bibliografija
1. Moderniųjų iniciatyvų ir tradicijos dialogas: surinkimininkų judėjimas Prūsijos Lietuvoje: straipsnių rinkinys, sud. ir par. I. Strungytė-Liugienė, Vilnius: Lietuvių kalbos institutas, 2020, 272 p. ISBN 978-609-411-258-4.
2. Чистякова Марина Владимировна 2019: Предварительный сводный каталог церковнославянских проложных текстов 3: ноябрь = Preliminarus suvestinis bažnytinio slavų Sinaksaro tekstų katalogas 3: lapkritis, Vilnius: Lietuvių kalbos institutas, 608 p. ISBN 978-609-411-235-5.
3. Šepetytė Ritutė, par., 2019: Jurgio Ambraziejaus Pabrėžos Geografija, Vilnius: Lietuvių kalbos institutas, 360 p. ISBN 978-609-411-232-4.
4. Чистякова Марина Владимировна 2017: Рукописные прологи Великого княжества Литовского и Польского королевства (Krakowsko-Wileńskie studia slawistyczne 13), Kraków: Scrinum, 390 c. ISBN 978-83-65432-21-6.
5. Темчин Сергей Юрьевич 2016: Литовский язык в диалогах: учебное пособие = Lietuvių kalba dialoguose: mokymo priemonė ir kompaktinė plokštelė, Vilnius: Lietuvių kalbos institutas, 76 p. ISBN 978-609-411-196-9.
6. Чистякова Марина Владимировна 2016: Предварительный сводный каталог церковнославянских проложных текстов 2: октябрь = Preliminarus suvestinis bažnytinio slavų Sinaksaro tekstų katalogas 2: spalis, Vilnius: Lietuvių kalbos institutas, 620 p. ISBN 978-609-411-180-8.
7. Aleknavičienė Ona 2014: Jokūbo Brodovskio patarlių, priežodžių ir mįslių rinkinys Litauische Sprichwörter und Rätsel: monografija, kritinis leidimas su faksimile ir indeksais, Vilnius: Lietuvių kalbos institutas, 592 p. ISBN 978-609-411-087-0.
8. Чистякова Марина Владимировна 2013: Предварительный сводный каталог церковнославянских проложных текстов 1: сентябрь = Preliminarus suvestinis bažnytinio slavų Sinaksaro tekstų katalogas 1: rugsėjis, Vilnius: Lietuvių kalbos institutas, 501 p. ISBN 978-609-411-095-5.
9. Темчин Сергей Юрьевич 2010: Исследования по кирилло-мефодиевистике и палеославистике (Krakowsko-Wileńskie studia slawistyczne: Seria poświęcona starożytnościom słowiańskim 5), Kraków: Scrinum, 305 c. ISBN 978-83-60163-59-7.
10. Temčinas Sergejus, Miškinienė Galina, Čistiakova Marina, Morozova Nadiežda, red., 2009: Lietuvos Didžiosios Kunigaikštystės kalbos, kultūros ir raštijos tradicijos (Bibliotheca Archivi Lithuanici 7), Vilnius: Lietuvių kalbos institutas, 448 p. ISBN 978-609-411-026-9. ISSN 1648-3294.
11. Miškinienė Galina 2009: Ivano Laucevičiaus kitabas – Lietuvos totorių kultūros paminklas = Китаб Ивана Луцкевича – памятник народной культуры литовских татар, Vilnius: Lietuvių kalbos institutas, 800 p. ISBN 978-609-411-030-6.
12. Морозова Надежда Афанасьевна 2009: Книжность староверов Эстонии, Tartu: HUMA, 288 c. ISBN 978-9949-408-72-6.
13. Aleknavičienė Ona, Schiller Christiane, par., 2008: Jokūbo Perkūno traktatas Wohlgegründetes Bedenken über die ins Litauische übersetzten zehn Fabeln Aesopi und derselben passionierte Zuschrift: kritinis komentuotas leidimas ir studija, Vilnius: Lietuvių literatūros ir tautosakos institutas, 185 p. ISBN 978-9955-698-55-5.
14. Čistiakova Marina 2008: Vilniaus rankraštinių sinaksarų tekstologija: rugsėjis–lapkritis = Текстология вильнюсских рукописных прологов: сентябрь–ноябрь, Vilnius: Lietuvių kalbos institutas, 477 p. ISBN 978-609-411-014-6.
15. Miškinienė Galina, Güllüdağ Nesrin 2008: Turkų–lenkų kalbų žodynėlis iš Lietuvos totorių rankraščio (1840), Vilnius: Lietuvių kalbos institutas, 176 p. ISBN 978-609-411-015-3.
16. Morozova Nadiežda, Novikov Juri 2008: Isevärki Peipsiveer: Eesti Vanausuliste folkloorist ja pärimuskultuurist, Tartu: HUMA, 192 р. ISBN 978-9949-408-61-0.
17. Морозова Надежда Афанасьевна 2008: Кириллические рукописные книги, хранящиеся в Вильнюсе: каталог, Vilnius: Lietuvių literatūros ir tautosakos institutas, 243 c. ISBN 978-9955-698-90-6.
18. Морозова Надежда Афанасьевна, Новиков Юрий Александрович 2007: Чудное Причудье: фольклор староверов Эстонии, Tartu: HUMA, 336 c. ISBN 978-9949-408-58-0.
19. Aleknavičienė Ona, Grumadienė Laima, Gurskas Albertas, Skirmantas Petras, Strockis Mindaugas, Tumasonis Vladas 2005: Lituanistinis šriftas Palemonas, Vilnius: Tautinių bendrijų namai, 302 p. ir kompaktinė plokštelė. ISBN 9955-546-22-0.
20. Aleknavičienė Ona, par., 2005: Jono Bretkūno Postilė: studija, faksimilė ir kompaktinė plokštelė, Vilnius: Lietuvių kalbos instituts, 1135 p. ISBN 9986-668-94-4.
Svarbiausi projektai
Povilo Ruigio gramatikos Anfangsgründe einer Littauischen Grammatick (1747) kritinio leidimo ir monografijos Povilas Ruigys leidyba (vadovė Ona Aleknavičienė, remia LMT, 2019–2020 m.)
Moderniųjų iniciatyvų ir tradicijos dialogas: surinkimininkų judėjimas Mažojoje Lietuvoje (vadovė Inga Strungytė-Liugienė, rėmė LMT, 2017–2019 m.)
Lietuviškos XVI–XIX amžiaus Biblijos istorija (vadovas Mindaugas Šinkūnas, rėmė LMT, 2015–2018 m.)
LDK slaviškosios raštijos lietuviškoji dimensija (vadovė Nadiežda Morozova, rėmė LMT, 2012–2014 m.)
Paveldas ir tapatumas: XVII amžiaus lituanistikos šaltinių tyrimas ir sklaida (vadovė Ona Aleknavičienė, rėmė LMT, 2010–2012 m.).
Lituanika: Lietuvos Didžiosios Kunigaikštijos etnokonfesinių mažumų raštijos paveldas II (vadovė Nadiežda Morozova, rėmė LMT, 2009–2011 m.)
Lituanika: Lietuvos Didžiosios Kunigaikštijos etnokonfesinių mažumų raštijos paveldas (vadovė Nadiežda Morozova, rėmė LMT, 2007–2008 m.)
Tarptautinės konferencijos
Modernybės ir tradicijos sampyna: surinkimininkų judėjimas Mažojoje Lietuvoje (2017 m. gruodžio 1–2 d.)
Baltų ir slavų kalbos ir tarmės Vidurio Europos erdvėje (2017 m. balandžio 18–25 d.)
Totoriai-musulmonai Lietuvos Didžiojoje Kunigaikštystėje: praeitis, dabartis, ateitis (minint 620-ąsias totorių istorijos, religijos ir kultūros Baltarusijoje, Lietuvoje ir Lenkijoje metines, 2017 m. birželio 27–liepos 1 d.)
Slavai ir baltai: kalbų ir kultūrų sąveika istorijoje ir dabartyje (kartu su Vilniaus universitetu, 2016 m. lapkričio 17–18 d.)
Lietuvos Didžiosios Kunigaikštystės kalbos, kultūros ir raštijos tradicijos (penktoji tarptautinė konferencija, skirta LDK kultūros paveldo tyrimams, kartu su vyskupo Antano Baranausko fondu Lietuvių namai [Seinai] ir fondu Pogranicze [Seinai], 2008 m. lapkričio 12–14 d.)
Nacionalinės konferencijos ir seminarai
Mažosios Lietuvos kunigas, filologas, istorikas: Gotfrydui Ostermejeriui – 300 metų (kartu su Lietuvių literatūros ir tautosakos institutu bei Klaipėdos universitetu; 2016 m. balandžio 20 d.)
„Laikykite mane ne tik Jūsų kalbos mylėtoju…“: lietuvių raštijos istoriografui ir leidėjui, Karaliaučiaus universiteto Lietuvių kalbos seminaro vadovui Johannui Jacobui Quandtui (1686–1772) – 330 metų (2016 m. gruodžio 14 d.)
Vilniaus universitetas, Klaipėdos universitetas, Lietuvių literatūros ir tautosakos institutas, Lietuvos istorijos institutas, Tartu universitetas, Varšuvos Krikščioniškoji teologijos akademija, Torunės universitetas, Bulgarijos mokslų akademijos Kirilo ir Metodijaus tyrimų centras, Bulgarijos mokslų akademijos Bulgarų literatūros institutas, Ukrainos nacionalinės mokslų akademijos Ukrainos istorijos institutas, Budapešto universitetas, Upsalos universitetas, JAV Ohajo valstijos universiteto Hilandaro tyrimų centras ir kt.